当时有担任太子讲官的郭正域替朱常洛怒斥太监，太监们才动手给太子生火。 当时，东林党和齐楚浙党的政治斗争已经进入了白热化阶段，在朱常洛被立为太子的仅仅两年之后，又发生了“第二次妖书案”。 万历三十一年，内阁次辅朱赓在家门口发现了一份题为《续忧危竑议》，署名为吏科都给事中项应祥，四川御史乔应甲的揭帖。 其文假托“郑福成”为问答，言指责郑贵妃意图废太子，册立自己的儿子为太子，言明神宗立东宫之事，实为不得已， 并大肆批评首辅沈一贯险贼，又说明神宗用朱赓为内阁大臣，是因起名中的“赓”字与“更”同音，寓更易之意，也就是“朱”家要“更”换太子的意思。 朱赓得此书，立即进宫面奏皇帝，明神宗看后大怒，即命东厂“大索奸人”。 当时内阁仅有三人，即沈一贯、朱赓与沈鲤，沈一贯是浙党，与东林党人沈鲤积怨已深，而郭正域又是沈鲤的得意门生，沈一贯便意图反借此案诬陷沈鲤与郭正域。 《续忧危竑议》中指名道姓地攻击了沈一贯与朱赓，他二人为了为了避嫌，不得不待罪在家，沈一贯老谋深算，就此化被动为主动，指使给事中钱梦皋上疏，诬陷郭正域和沈鲤造作妖书。 沈一贯这一招连消带打不但成功洗清了自己的嫌疑，还成功地将矛盾引向了东林党，牵扯出一连串与东林党交好的相关人士，包括郭正域的医师沈令誉，以及佛教禅宗大师紫柏真可，由此引发了一场大狱。 当时刑部尚书萧大亨也想将“妖书”嫁祸给郭正域，朱常洛听说此事之后，几次对身边宦官道，“何为欲杀我好讲官？” 此话相当有深意，诸人闻之皆惧。 为了营救郭正域，朱常洛还特意派人带话给东厂提督陈矩，让他手下留情，陈矩为人精明，尽管太子地位不稳，但也决不会轻易开罪太子，因而郭正域的审讯一连进行了几日，却始终没有定案。 不久之后，东厂又逮捕一名形迹可疑的男子皦生彩，皦生彩供出他哥哥皦生光与“妖书案”有关。 当时有个叫包继志的富商为了附庸风雅，曾经委托皦生光代纂诗集，皦生光故意在诗集中放了一首五律，其中有“郑主乘黄屋”一句，暗示郑贵妃为自己的儿子夺取皇位。 包继志根本不懂，便刊刻了诗集，皦生光立即托人讹诈包继志，说他诗集中有悖逆语，包继志情知上当，却也无可奈何，皦生光又拿着诗集去讹诈郑国泰，郑国泰胆小，加上朝野上下舆论都对郑贵妃不利，只好出钱了事。 尽管所有人都明白“妖书案”其实与皦生光无关，《续忧危竑议》一文论述深刻，非熟悉朝廷之大臣不能为，皦生光这样的落魄秀才绝对没有这样的能耐。 但由于明神宗急于平息事端，在东厂的屈打成招之下，皦生光成为“第二次妖书案”的唯一主犯，其人被凌迟处死，家属被发配充军。 在“第二次妖书案”结束后，国本之争仍未停息，福王朱常洵虽被册封为亲王，但长期逗留京师，久不赴封国洛邑。 于是朝臣们又纷纷开始上疏要求其按祖制离京赴藩居住，这其中以东林党人叶向高与孙慎行最为强势。 这样的争论一直持续到了万历四十三年，“梃击案”发生之后，全国士庶都认为郑贵妃要对太子下手，拥立福王朱常洵。 在众人的压力下，明神宗为保郑贵妃清誉，终于正式下旨命福王到洛邑就藩。 公正地说，明光宗之所以能被成功立为储君，并在万历朝摇摇欲坠地当了近二十年的太子，确实是仰仗于东林党人的维护和保全。 虽然明熹宗登基之后不满东林党人仗着两次拥立之功把持朝政而铲除了东林党，但是一旦提及万历朝时的东宫旧事，纵使是魏忠贤这种从小就陪在朱由校身边的大伴，也没法儿否定东林党保卫太子的功劳。 明光宗虽然不是个好父亲，但是他用他的所有心力，战战兢兢地在东宫当好一个太子，本身就是对他儿子们的最大爱护。 朱由校抽了抽鼻子，调整了一下情绪，索性将这出戏给演到底了，“再看看这奏疏中提到的那几个人，他们到底是跟谁有仇，还用得着朕一一数出来给你们听么？” “那高攀龙呢，是弹劾了崔呈秀，这就不用多说了；缪昌期呢，是杨涟弹劾忠贤二十四大罪时，京城盛传杨涟之疏乃经由缪昌期草拟，东林党人被逐出京城时，缪昌期又常常不避嫌疑，公开为那些人送行。” “李应昇、黄尊素呢，都是继杨涟之后，公开弹劾过忠贤的人，黄尊素上过一份《士气已竭》疏，李应昇是弹劾忠贤七十二大罪，比杨涟所劾，还要多出四十八宗罪来。” “那周宗建呢，就更复杂了，他一开始是斥责忠贤‘千人所指，一丁不识’，后来又跟冯铨结下了梁子。” “当年他要求朕破格任用熊廷弼，广宁丢了的时候，他正在巡按湖广，为了让熊廷弼摆脱罪责，他就跟着科道官张慎言把冯铨之父冯盛明给弹劾了。” “冯铨那个大孝子，一见了这事儿，哪有不报复回去的道理？于是他就指使他的门生曹钦程，把周宗建、张慎言、李应升和黄尊素一并给劾奏削籍了。” “最后再说周顺昌，他也是送行惹出来的事端，周起元去职的时候，周顺昌公开为其饯别，并不惧旗尉在旁，还指名骂魏。” “魏大中因汪文言案被捕的时候，曾经过吴门，周顺昌不但设宴款待他，形影不离地跟了他三天