大明水师也开始出现铳车、舷窗、炮孔、火炮甲板等，甚至也出现了双层火炮甲板的战船。
如《兵录》中就记载：“船下层(主甲板)左右约开铳孔，或叁十处，或二十处，安置红夷大炮，每门重二千叁四百觔者，用一车轮架乘之，便于进退装药。此等大炮，每船一只，或六门或八门，左右排列；余孔亦列千觔与五百觔之铳，必要五百觔为率者，方沉重不跳且送弹端直”。
还有郑成功的水艍船火炮也采用分层设置，上施楼堞，绕以睥睨，面裹铁叶，外悬革帘，中凿风门，以施炮弩。
更有意思的是，双层火炮甲板技术不但应用于东南沿海地区，居然还深入到了内河。据《平吴录》记载，1674年吴叁桂反叛，就建造了“中分叁层，上中两层左右各安炮位叁十六，下层左右各置桨二十四，其行甚速”的大型内河战舰。
随着火炮数量不断增加，炮击战术也逐步成熟。1627年8月，郑芝龙与俞咨皋部战于福州将军澳，郑芝虎使用斗头炮将明水师马胜船打穿，延着火药桶发火。
1628年6月，郑芝龙与俞咨皋再战于厦门，明军孙雄船被郑芝熊尾送炮打沉。崇祯八年，郑芝龙于广东田尾洋剿灭刘香，双方战船均有被炮击沉者多艘。
到了1661年5月，郑成功在台江海域与荷兰军舰展开海战，荷兰战船“赫克托号”首先爆炸沉没，随后中国大船紧靠“斯·格拉弗兰”号和“白鹭”号二号船的尾部，郑军士兵向敌船甲板和船舱上开炮射击，并且郑军还使用了火攻船。
此次战斗，以炮击船、以炮击人的作用已经变得非常突出，传统的火烧敌船也仍然发挥了重要作用，但是过去最为常用的的跳船接舷战则再也没有出现。
再到1680年，清军收复海坛之战，万正色战船“炮火齐发，击沉贼船十六艘”。1683年澎湖海战，炮击战术变得更加重要，海上交战发铳为先，“焚寇之船莫如火，碎寇之船莫如炮”。
彼时清军大小战船被炮打坏者甚多，而清军用舰炮击沉的郑氏大炮船也有八艘。
这个时期也发展出了舰炮对射的战术，据《台湾外纪》载“凡水战，彼此望见，即发斗头熕。将近，或发左边炮；转舵，发尾送炮，再发右边炮”——瞧瞧，这与当时欧洲战列舰侧舷齐射战术是不是已经高度一致？
不过，虽然炮击战术逐步成熟，但是以舰炮决胜负的情况在当时仍未出现。在一般的海战事例中，多样化的炮击、冲犁、火烧、跳船、肉搏等仍是常规战法。
即便是炮击战术应用最为广泛的澎湖海战中，清军用火桶火罐焚毁郑军大炮船十八只、大鸟船叁十六只、赶缯船六十七只、洋船改战船五只，也远多于舰炮击沉的区区八只。
把清军放在一边不提，先看另一个问题：与当时欧洲相比，大明水师到底处于一个什么样的水平？
在欧洲尤其是大西洋沿岸，15世纪最后几十年，伴随着大航海时代的来临，欧洲船舶出现了可以击沉敌船的舷侧重炮。
16 世纪，随着舷侧炮技术的成熟与发展，以撞击和强行登船为特征的海战方式逐渐被侧舷火炮齐射的战术所取代。
17 世纪发生了激烈的海军军备竞赛，各种新型战舰不断涌现，炮火越来越勐烈，战舰速度越来越快。
面对欧洲的坚船利炮，大明水师在变革在方向上大体能与欧洲保持一致，但时间上要晚一些。明朝在16世纪才开始在战船上应用发熕、神飞炮、威远炮等重炮，17世纪初才开始使用红夷大炮，采用舷侧炮技术和炮击战术。
不过更重要的是，大明水师船炮变革呈现出明显的“重利炮，轻坚船”的技术偏好，即舰炮技术变化频繁，与欧洲舰炮的变革节奏、方向一致，而船舶技术变化迟缓，有限的变革也多是应因火炮需要的产物，并未发生根本性变革。
火器这种东西，它的进步是线性的，所以在引入欧洲火炮之后，中国传统的造炮技术只需要有限的改进即可适应，因此对于火炮技术明代技术人员一直紧跟西方脚步，然而造船技术则正好相反。
首先，中西帆船的帆装难以兼容，这一点早就说过。受地球自转影响，大西洋东岸海域风气和柔，极少海洋性风灾气候，对船舶的驶风性能要求极高，所以欧洲船舶往往有巨大繁复的风帆。
而东海和南海所在的太平洋西岸则风涛多险，受海洋性季风影响大，暴雨强风等灾害性天气高发。因此中国海船发展出便于快速缩帆、驶风避险的硬帆纵帆，而一直比较排斥欧洲帆船复杂且难以操控的软帆和横帆。
其次，中西帆船的操控系统难以兼容。纵横跨越大西洋的航行安全系数略高，对船舶的操控性要求不高，其风帆只是提供动力，不影响船行驶的方向。
而东海和南海岛屿众多，暗礁丛生，兼以群岛星罗棋布，沿岸海屿断续，其实很像是一个内湖；又加之海禁影响，对外贸易萎缩，海上货运的目的地通常就以周边沿海地区为主，一般不