可以说，明代蒙古的济农制度，正是对元代以晋王为代表的亲王镇守漠北、代表大汗实行统治的制度传统的一种继承。
事实上明代蒙古的济农，最早可以追溯到由瓦剌贵族脱欢、也先父子拥立的岱总汗脱脱不花时期。目前见于记载的第一个拥有“济农”称号的人，是达延汗的曾祖父阿噶巴尔济，他也是岱总汗脱脱不花的胞弟。
在《蒙古源流》中有记载：“太松台吉于己未年自立为合罕，时年十八岁，封十七岁的阿黑巴儿只为吉囊。”这其中，太松台吉即岱总汗脱脱不花，阿黑巴儿只即阿噶巴尔济济农。阿噶巴尔济被封为济农，并被派往右翼。
然而，据蒙文史籍记载，这位济农在其兄脱脱不花汗与也先矛盾激化，双方诉诸武力的关键时刻，惑于瓦剌贵族的挑拨离间之计，背叛了汗兄，投奔了也先，致使脱脱不花汗势孤力单，兵败而死。而阿噶巴尔济济农随后也被也先设计杀死，其子哈尔固楚克台吉也在逃亡途中被杀。
见于记载的第二位拥有“济农”称号的人，是阿噶巴尔济济农之孙、达延汗之父巴彦蒙克，蒙文史籍中也称其为孛罗忽济农，汉籍史料中则有孛鲁忽、孛罗、孛忽等多种称呼。
据蒙文史籍记载，巴彦蒙克为哈尔固楚克台吉的遗腹子，为也先之女所生。他在三岁时被送往东蒙古，留在阿罗出少师处，后来阿罗出将女儿嫁与他。
而据汉籍史料记载，成化六年(1470)，孛罗忽率部与出入河套的阿罗出少师联合，“平虏将军、总兵官、抚宁侯朱永奏：虏酋阿罗出潜据河套，出没边境，近孛罗又率穷寇作筏渡河，并而为一，贼势愈众。”此处的孛罗即孛罗忽。
孛罗忽与阿罗出二人还曾联合遣使至明朝贡。孛罗是阿罗出的女婿，可见孛罗忽与阿罗出通过游牧民族传统的缔结姻亲的手段联合起来，“并而为一”。但是在高原板荡、群雄逐鹿，诸部纵横捭阖、动荡纷争的环境下，双方的联合并没能维系多久。
成化七年(1471)，孛罗忽又结新贵，联合实力强大的异姓贵族乩加思兰将阿罗出逐出河套，吞并了阿罗出的部分属众，势力逐渐强盛。此后，孛罗忽与加思兰、满都鲁一起行动，不断大规模深入明朝边境劫掠。
成化十一年(1475)，加思兰“乃与众商议，欲立孛鲁忽太子为可汗，而以己女妻之，因立己为太师，孛鲁忽不敢当，让其叔满都鲁”。孛罗忽让出汗位，与白匕加思兰共同拥立叔祖满都鲁为大汗。
满都鲁即位后，封其为济农，称孛罗忽济农，“由此，满都鲁合罕、孛罗忽吉囊祖孙二人协议一致，共同治理着六万户”。
孛罗忽济农尽力协助满都鲁汗，复兴黄金家族统治，一度颇有起色。然而，大汗与济农祖孙二人协力统治局面并没能维持多久。因为对已经习惯于擅权弄政的异姓权臣来说，他们不希望看到黄金家族统治的复兴，因此处心积虑破坏满都鲁汗与孛罗忽济农之间的团结。
当年，阿噶巴尔济济农受瓦剌贵族挑拨，背叛其兄，与瓦剌联合，结果大汗败亡，济农本人也被杀。如今，同样是在异姓贵族的极力挑拨下，满都鲁汗与孛罗忽济农二人很快矛盾激化。
成化十二年十月(1476)，“满都鲁与加思兰杀孛罗忽及满都知院、猛可等三人”，孛罗忽济农被杀，所部被吞并。
后世有学者曾高度评价孛罗忽济农，“他显然率领一个相当强盛的部落群体，这是自明初以来第一位不受他人掣肘，统帅一个强大土绵的台吉。最后虽然也失败了，但他的识见、才干，在明代蒙古封建主群里，显然属于上乘”。
在满都鲁汗与孛罗忽济农的经营下，黄金家族初步复兴，为达延汗的中兴奠定了基础。
所以可以这样说，在达延汗之前，只有上述二人拥有济农称号，其时的“济农”应该如太师、丞相等一样，仅是一个职衔称号，还谈不上是一项稳定的政治制度。
济农作为明代蒙古的一项重要政治制度，其正式确立或形成，应该是在达延汗征服右翼蒙古之后。
达延汗即位后，应部分右翼贵族所请，命次子兀鲁斯孛罗特为“济农”，前往右翼。这可能是达延汗建立济农制度的首次尝试。
然而这件事出了很大的岔子，兀鲁斯孛罗特在八白室前举行济农就职仪式时，被右翼异姓贵族设谋杀害。这一事件也成为达延汗武力征服右翼的直接导火索。
正德五年(1510)，经达兰特里衮战役，达延汗对右翼的军事征服取得决定性的胜利。于是，达延汗在八白室前重新宣布汗号，并正式封第三子巴尔斯孛罗特为济农，统辖右翼三万户。
“答言合罕彻底收服了右翼三万户，收聚平抚六万户大国，在圣主的八百帐前重新宣布了合汗的称号，降旨说：‘我的十一个儿子当中，令长子铁力?孛罗的儿子不地继承我的合汗之位！功勋卓著的巴儿速?孛罗曾经亲自陷阵，为我夺回了右翼三万户的政权，就令他在右翼作吉囊”。
达延汗在八白室