“所以你就是发明了这个药物的人？”江户川柯南好不容易平静了下来, “那你应该也能做出解药来了？”
从动物园回来之后，江户川柯南就开始不断回想着自己是不是露出了什么破绽，生怕哪天神院度突然出现在他面前，用肯定的语气说“你就是工藤新一”, 所以他又开始想着一旦这种情况真的出现, 他应该怎样才能蒙混过关, 最后的结论是：
完全没有办法，神院度根本就不可能会相信, 要不他还是直接承认算了。
江户川柯南：绝望.jpg。
于是江户川柯南秉持着一种不知道是不是自欺欺人的只要不见面就不会暴露的想法, 开始躲着神院度走, 这样一段时间过后, 神院度应该会稍微淡忘一点……吧？
江户川柯南心疼地抱住了自己的脑袋, 觉得实在是希望不大，就这样过了两天后，江户川柯南忽然从毛利兰那里得到了神院度出差去了的消息，这让他大大地松了一口气，但也就是在这段时间，他发现了致使他变小的罪魁祸首, 并不是普通的暴力分子那么简单, 而是隐藏着更大的黑暗。
他们搭乘新干线去参加婚礼，中途却上来了两个黑衣男子，正是当初在多罗碧加乐园给他灌下药的两人。他发现他们拿着一个黑色的公文包去往了餐厅，他本来想跟上去, 结果却被毛利兰拦了下来，让他不要乱跑, 于是他只好来到他们的座位, 偷偷地将窃听器用口香糖黏在了上面, 后来毛利兰发现了他的动作，用纸将口香糖包好扔到了桌面上的烟灰缸里。
就在这时，那两个人回来重新在座位上坐下，江户川柯南发现他们手中的公文包不见了，取之而代的是一个大号的行李箱。从他们的谈话中，他得知了他们的代号是琴酒和伏特加，但更令他震惊的是，他们在这辆列车上完成了一笔交易，而交易对象对他们来说已经没有利用价值了，所以交易过去的公文包里根本不是什么情报，而是炸弹，在3点10分对方毫无防备地摁下引爆开关后，就会和新干线一起被炸得粉身碎骨。
江户川柯南大惊失色，差点暴露了自己，琴酒和伏特加之后在名古屋下了车，江户川柯南没能追上他们，他费尽千辛万苦找到了炸弹，可是炸弹已经被启动，情急之下，他冲出去将公文包一脚踹出了窗外。
炸弹在列车外爆炸，冲击打在玻璃上，能够看到上面发出的震颤，原本拿着公文包的女人吓呆在了原地，事后她向警察说明了一切，但她并不认识琴酒和伏特加，两人的真实身份依旧是一团迷雾。
不过江户川柯南并没有气馁，最起码他知道了两人的代号，并且将他们牢牢地记在了心里，并且坚定了一定要将他们绳之以法的决心，在这次事件之后，他可以说是平稳地度过了大半个月，直至今天，班级里忽然来了一个转学生。
她名叫灰原哀，在经历了一场误将穿黑衣服的歹徒当成组织成员的乌龙之后，他们在回家的路上，灰原哀忽然自曝自己的代号是雪莉，江户川柯南所吃下的APTX-4869是由她来研发的，并让江户川柯南误以为阿笠博士已经被她杀掉了。
结果等他急匆匆地赶到阿笠博士家，发现他被耍了一通，阿笠博士根本就没有出事，在灰原哀的讲述中，他也由此得知了一些遍寻不到的组织的情况。
“你以为我是谁？资料全都在研究所，我怎么可能记得住？”化名灰原哀的宫野志保摊开手如此说道。
“那研究所的位置呢？如果我们……”
“别想了。”灰原哀拿起一张报纸，指着上面“药品公司大火”的加粗标题和大火燃起的照片对江户川柯南说道，“就算现在去也是一无所获，想必我所能知道的部分都已经被破坏掉了。”
“可恶，难道就没有办法了吗？”江户川柯南接过报纸，嘴里不甘心地喃喃自语道，脑海中浮现出了那两个黑衣男子的身影，“琴酒和伏特加……”
灰原哀的瞳孔紧缩，她猛地转过头，面色难看地提高了声音：“你是从哪里听到这两个代号的？！”
“怎么了？是在新干线上的时候……”江户川柯南大致将事情说了一遍，说完还有些遗憾地说道，“要是我那个时候能够追上去，找机会引来警察……”
“工藤新一！你是疯了吗？！”属于小女孩尖锐到有些刺耳的声音响起，灰原哀上前一步抓住了江户川柯南的肩膀，她的呼吸急促，像是陷入了一个恐怖的梦魇，“你知道他们是谁吗？那是一群恶魔！你会被发现，会被毫不留情的杀掉，到时候你身边所有的人……”
“冷静一点！”江户川柯南也吓了一跳，他觉察出灰原哀的状态不对，就好像有什么刺激到了她？PTSD？他努力地试图让灰原哀平静下来，“别慌，还记得你已经逃出来了吗？你现在已经安全了！”
[志保，你要记住，无论什么时候都要保持冷静。]灰原哀感到好像有一双手落在她的肩头，神院度站在她的身后，声音清晰地传进她的耳朵，[慌乱的时候，做出的决定是来