直树不准备回密阿雷市，他准备往西去娑罗市。在大赛开始之前，他要按照约定去见一见可尔妮，并且和她一起特训。可尔妮还没有正式继任道馆馆主，所以她今年同样是要参加联盟大赛的。
到达娑罗市之后，直树却从可可布尔口中得知了可尔妮已经去密阿雷市的消息，直树不得不从娑罗市赶回密阿雷市。
密阿雷市就是这一届卡洛斯联盟大赛的举办地点，临近大赛，原本人就多的密阿雷市已经是人潮汹涌了，随处可见年轻的宝可梦训练家，他们的目标无疑都是联盟大赛。
直树在宝可梦研究所遇到了过来找自己的可尔妮，许久未见的两人惯例拥抱了一下，随后就是惯例的对战环节。
可尔妮已经完全掌握了和路卡利欧之间的超进化，两人使用超级路卡利欧对战了一场，对战没有分出胜负，以平手结束。现在是特训的时候，不能让宝可梦受伤，双方都没有使用全力对战。
“密阿雷大赛的赛制是传统的一对一，六选三的单打对战，比赛采取淘汰制。直到4强才会采用六对六的全面对战。”
“在前期，能够使用越少的宝可梦越好，这样别人就会没办法看透你们的实力，没办法针对你们。”
“当然，如果为了隐藏实力输了的话可就不好了，对战中可是绝对不可以松懈的。”
佐藤真正在给直树和可尔妮说着联盟大赛的各种规则和技巧，其本人从来没有参加过联盟大赛，但是对大赛却十分的了解。
“今年的联盟大赛的奖励十分的丰厚，甚至有不少其它地区的训练家都跑到了密阿雷市来参加，你们可要小心一些。”
没错，今年的冠军奖励之中就有超进化钥石，这对很多宝可梦训练家来说都有着致命的吸引力。这是超进化研究刚刚进入大众视野的第一年，对战的激烈程度可想而知。
“对了，小直，图图犬该还给你了，大赛报名只能选择六只宝可梦，中途是不允许更换队伍的，所以你要想好带那些宝可梦上场才行。”
直树愣了一下，这个问题他之前还没有想过，他现在的宝可梦已经超过六只了，选谁参赛也是一个需要思考的问题。
留下物攻手中的一只吧，直树根据队伍的合理性只能这样选择，那么就是在烈咬陆鲨、喷火龙和路卡利欧之中选择一只不参加。
直树和三只宝可梦商量了一下，三者倒是十分的豁达，纷纷表示自己可以不参加，把机会让给另外两只宝可梦。最终路卡利欧力排众议，觉得自己不参加，它是队伍中的大哥，应该把这种机会让给小弟。烈咬陆鲨和喷火龙表情浮夸，纳头便拜，三兄弟抱在一起哭成一团。
“......”一旁的直树一脸懵逼。不过宝可梦自己商量好了，直树就按照它们的想法来了。
了解完规则之后，就是对战特训了，到报名开始、比赛正式开始之前，直树和可尔妮的时间大概都会用来进行对战训练。
这此期间，瑅耶鲁诺和多罗巴也加入了训练的队伍，他们两人也收集完了八个徽章，准备参加今年的联盟大赛。
根据他们说，卡鲁穆也准备参加大赛，现在正在野外独自特训。
莎莉娜和莎娜并没有参加联盟大赛的想法，不过她们也都来到了密阿雷市，按照约定说的那样过来给大家加油。
就在这段忙碌的时间中，密阿雷市出现了一起极为恶劣的抢夺宝可梦的事件。直树被希特隆请求过来帮忙抓捕罪犯。
根据受害者的描述，犯人似乎是一个穿着笼罩全身的衣服的人。
直树忽然想起了闪焰队的那位行踪不明的科学家库瑟洛斯奇，在游戏的剧情之中，二周目的时候这个家伙会在密阿雷市搞事情，弗拉达利失败后，库瑟洛斯奇回到弗拉达利研究所，继续自己毕生追求的E战斗服的研究。
他招募了玛琪艾儿作为自己研究的对象。由于玛琪艾儿不能命令宝可梦进行对战，库瑟洛斯奇只好将实验方式改为通过遥控控制E战斗服行动。在此期间，身穿战斗服的玛琪艾儿被称为“艾丝普莉”。作为实验的一环，库瑟洛斯奇先是让艾丝普莉潜入密阿雷美术馆，对艺术品进行损毁，之后又让艾丝普莉夺走一般市民的宝可梦。
因为直树的缘故，库瑟洛斯奇的计划似乎提前了，直树觉得自己还是亲手去了结这件事情比较好。
再一次来到来到弗拉达利研究所，这里已经被联盟封闭了，直树靠着沙奈朵的瞬间移动进入了其中。
打败了潜伏在研究所内部的人，直树来到了研究所的深处。
“为什么E战斗服的遥控机能在那个时候出现了问题？”
“……我是不是不应该只是催眠，也应该控制她的精神？但是这样一来，对玛琪艾儿的负担就太重了……”
直树走路的声音使得自言自语的库瑟洛斯奇回过头来。
“哦哦！你是那个时候的！原来如此，妨碍实验的就是你啊！我明白了！好！就用你来做实验吧！只要穿着E战斗服的艾丝普莉能够击败你，就能证明我高超的科学实力了！来，过来吧，艾丝普莉！战斗吧！和艾丝普莉战斗！”
黑暗中走出了一个穿着黑色战斗服的人，她