悉心调教的新生力量尽数阵亡。
而另一边，在接下来的京师保卫战中，兵部尚书于谦却以几近一己之力而挽狂澜于既倒，这就给世人心中留下了一种关键时刻还得靠文官的印象。所以景泰帝登基后，以于谦提督京营，兵部地位开始飞速崛起，而五军都督府的权力开始逐步削弱。
景泰年间，每遇重大军事行动，朱祁钰都会跟于谦商议，并且卫所将领的选拔和更替、卫所士卒的操练都被收归兵部，五军都督府的权力就只剩下了管理军户户籍和屯田等，兵部地位已然崛起。
英宗复辟后，虽然通过废除于谦所设团营、召回天下镇守文官等办法打压兵部，但是随着石亨以图谋不轨被诛，大明终于彻底由文武并重转向为重文抑武。
到了成化、弘治年间，连管理军户户籍的权力也被收归兵部，五军都督府彻底沦为一个有名无实的部门，都督府里的各种左、右都督几乎都成了某种意义上的赠官、挂名。
“凡在京在外武职袭替优给，都司卫所呈送该府，过送兵部奏请定夺。后行奏俱改属兵部。”
五军都督府乃至于皇帝本身也不是没想过挣扎一下。譬如正德年间，武宗就通过宠幸武将江彬、设立两官厅的办法打压兵部的地位，但是……武宗随即就驾崩了。他究竟是不是“被驾崩”，后人已经无法证明，总之造成的结果就是：一切努力都化为泡影。
如此，到了嘉靖年间，五军都督府仅剩的管理军户屯田的权力也被收归户部，五军都督府完全成了一个可有可无的部门，五军都督府的左、右都督也彻底成为了武将的荣誉职衔。此后，凡遇征战，武将都由挂兵部职衔的巡抚或总督节制，当然像高务实这样的经略以及更往后出现的督师，那就更胜一筹了。
“凡天下将士兵马大数，荫授、迁除与征讨进止机宜皆属之。十三年，分大都督府为五军都督府，见若以为品秩如其故者，而兵部阴移之，其权渐分矣。所谓五都督者，不过守空名与虚数而已。”
以高务实之所见，五军都督府的衰落有其必然性，纵然他站在后世人的立场来看，这种衰落趋势本身也是不可避免的，无非是时间早晚罢了。
秦汉以后的历朝历代并没有严格划分过武将和文官，统治者对大臣最为看中的其实是文武兼备，例如唐代甚至还有边帅立功后要入朝为相的惯例。在这种情况下，明代五军都督府权力的削弱和兵部地位的崛起，本来是不会出现任何问题的。
宋代以后，为了防止藩镇割据局面的出现，才有了明确的文官和武将的划分。但是，文官看待战争更多的是从政治的角度出发，武将看待战争则更多的是从军事的角度出发。然而在宋代文官的改造下，武将的培养单纯强调武勇而轻视谋略。
正是由于出现了这种情况，明代五军都督府权力的削弱和兵部地位的崛起，就会出现问题了。
像宋代文官那样从政治的角度看待战争的明代文官统领武将们作战时，往往会出现一种尴尬的现象：武将领兵快速投入战斗会被文官指责为轻敌冒进、好勇嗜杀；武将选择等待有利时机再出战，又会被文官指责为畏敌避战、养寇自保。
这样一来，武将就完全成了朝廷的战争机器，彻底失去了战争中的主动权。而如果统领武将的文官具有良好的军事素养那还好说，一旦文臣统帅像杨镐那样，等待明军的就只能是萨尔浒那样的惨败。
最糟糕的是，在没有高务实这个穿越者出现的原历史上，为了防止武将势力抬头，文官们还拒绝一切有助于提高武将地位的建议——即便这些建议的出发点其实是希望提高军队战斗力。
比如隆、万时期，戚继光和俞大猷都曾提出过整训明军的计划，结果其中的建议大半被文官否决(保留了很小一部分治标不治本的措施，如戚继光在蓟镇轮练各镇之兵多年)，大明从而错失了最后一次提升军队战斗力的良机。
当然更加严重的是，五军都督府的权力削弱和兵部地位的崛起又产生了一个新的问题：文官轻视武将、武将对文官阳奉阴违。这种情况下，文官和武将在战争中离心离德就成了一种必然，再配合上大明糟糕透顶的财政制度，结果就是像松锦大战那样的惨败在末期明军中不断上演。
正是由于五军都督府权力的削弱和兵部地位的崛起，明末才出现了国家军事形势由主要领军文官的军事素养决定的诡异局面。当卢象升、洪承畴、孙传庭等军事素养较高的文官在时，明末的军事形势看起来就很好，而当他们先后阵亡或被俘后，明末的军事形势就瞬间急转直下，并最终在不久之后灭亡。
灭亡的原因当然不仅仅只是能打仗的文官们损失殆尽，高务实一直坚持认为财政问题才是首要原因，正如同后世公认的那个道理一样：战争是政治的延续，而经济是政治的根源。
一个国家如果经济烂透了，政治必然一塌糊涂，于是战争也肯定是“费拉不堪”。而如果经济强大，国家就算在战争决策、战争指挥中出现很大的问题，最糟糕也无非就像是带英打出