屠戮了大量印第安人也没能获得大笔黄金。
其非但未能赚回殖民美洲所花费的全部资金，甚至连殖民地最基本的物资供给都不能保证稳定，这使得许多西班牙殖民者聚集起来发动多次叛乱，以反抗哥伦布和殖民地政府的统治，要求更多的好处和权力。
最终，随着叛乱次数和规模的越来越大，以哥伦布为首的殖民地政府为了挽回叛乱者的支持，不得不满足他们的要求，于1498年正式在美洲建立了一种名叫分配制的殖民制度，给予了每个西班牙殖民者许多好处和权力。
这一制度，大抵就可以看做是“委托监护制”的起源和前身。
然而此时出现了一个非常重要的矛盾：西班牙人在美洲早期实行的贡税制和分配制，实际上都是殖民地政府和殖民者们私自实行的，是一种非官方制度。他们根本没有与西班牙朝廷经过任何沟通，就私自瓜分了原属于西班牙国王的土地和臣民，还将印第安人变为了奴隶。
在这个过程中，西班牙朝廷非但没有从中得到任何好处，殖民者奴役印第安人的举措还影响了西班牙朝廷的税收——因为按照西班牙的法律规定，只自由人才有交纳年贡的义务。
因此，以西班牙国王和王室成员为首的西班牙朝廷，与美洲殖民者和殖民政府之间存在着分歧和矛盾，两者虽然都对印第安人实行剥削，但具体的剥削方法和方式有着很大的差异。
西班牙朝廷想通过某种和平的方式，将印第安人变成自己的直属臣民，就如普通西班牙人一样，然后通过政治和经济手段对印第安人进行剥削和统治。
而殖民者则想将印第安人变成自己的私有财产，然后随意奴役、买卖和杀害，或是掠取印第安人所创造的全部劳动成果，并不想与西班牙朝廷分享印第安人劳动产出的利益。
在对待印第安人的态度上，西班牙朝廷主张温和地对待印第安人。特别是为了推行天主教，发展更多的基督徒，西班牙朝廷还常常下令要求殖民者善待印第安人，并引导他们皈依天主教，成为天主的信徒和西班牙国王的臣民。
比如西班牙双王在1493年5月29日写给哥伦布的敕令上就严词强调道：“探索航行的首要目的是改变印第安人的信仰，探险者们必须极其善意并充满爱心地对待印第安人，促进印第安人与西班牙人之间的友好关系，我们将惩罚任何虐待印第安人的人。”
但西班牙殖民者则对更改印第安人的信仰没有任何动力，他们只对压榨剥削印第安人的劳动成果有兴趣。而且，如果印第安人改信天主教，变成了基督徒，那么按照基督徒不能奴役基督徒和上帝面前人人平等的教义，西班牙殖民者就不能再肆意剥削印第安人了。
于是，在很长一段时间里，改信天主教的印第安人数量都很少：不是印第安人不肯信，而是西班牙殖民者压根就不用心推广。
由此则引发了西班牙双王及其继任者们，连续不断地将意志坚定的传教士派往殖民地进行传教等政策变化。今天出现在“马尼拉和谈”中的桑托斯司铎，就是“五大教派”的代表，从他可以参加这样级别的会谈，也可以看出此时教会对殖民地的影响变大了许多。
总而言之，在西班牙朝廷、殖民者和美洲印第安人三方的拉锯战后，最终西班牙殖民者和殖民政府不得不对奴役印第安人的现有政策进行更改和妥协，如此才推动新式殖民制度——“委托监护制”的产生和应用。
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