朝中的争执主要集中在两个方面：一是对于刘綎提出的加强安集延防御和请求更多支援的请求，有的大臣认为应当全力支持，以确保西域的稳定；而另一些大臣则担心过度投入会导致国库空虚，主张谨慎行事。
二是关于是否应该追击布日哈图的问题，有的大臣认为应当趁机扩大战果，彻底消除西域的威胁；而另一些大臣则认为应当遵守既定的战略，避免不必要的风险。
两个方面，四种声音，其实说起来都是各有道理的。
加强安集延的防御，好处就是可以提前达成高务实在战前做出的最佳构思。即以伊犁盆地与费尔干纳盆地为西域的两个力量犄角，做出随时对外投射军力威胁的进攻态势，形成某种以攻代守却又蓄势不发的战略优势。
坏处则是现在从喀什噶尔通往安集延的道路很成问题，造成运输成本过高、费尔干纳盆地防线建立耗费太大、太久，可能会面临布日哈图反戈一击的战略威胁。假如出现最坏的情况——布日哈图反击且确实击败了后勤困难的明军，那么朝廷的前期投入就全打了水漂，而这个前期投入肯定不会小。
综合来看，积极加强安集延防御和增派援军面临的现实是：一旦成功，收益非常大，能够一举达成“西域计划”的战略目标；一旦失败，风险也很大，而损失可能更大。因为明军在西域目前尚无败绩，如果在安集延战败，各种妖魔鬼怪就都可能浮出水面，让整个西域的守备和治理难度都出现陡增。
所以在这种情况下，支持加强安集延防御的朝臣可以被看做是“乐观派”，他们既看好朝廷在财政、物资、运输等方面的余力，也看好刘綎及所部的战斗力，认为他能守稳目前并不牢靠的安集延。
相应的，反对现在就占领安集延并大举投入的朝臣则可看做是“悲观派”或者“审慎派”，他们主张见好就收，不要搞这种危险举动，以免万一失败损失太大。在他们看来，大明现在正值中兴，国力蒸蒸日上，只要稳扎稳打，将来拿下安集延并不困难，因此不必操之过急。
至于追击布日哈图，这件事就更加需要小心谨慎了。明军不同于蒙军，在对后勤的依赖程度方面，二者差别不可以道里计。
明军的吃穿用度、战场消耗的补充几乎全部依赖于后勤运输，而喀什噶尔到安集延的道路不仅本就难走，有时候甚至还要看老天爷的脸色(雪山间行军，一个雪崩都可能埋葬一支运输队)，这就更添了几分不确定性。
相反，察哈尔部蒙军是举族西迁式的进军，只要每次都有(或打下)落脚点，他们就不缺补养，因此他们可以拖着明军不断西进，直到明军彻底丧失补充能力，然后他们再从容不迫地反戈一击。
彼时的明军则早就被拖到筋疲力尽，面对蒙军的回马枪怕是只能等死——这就成了战略上的一次“曼古歹”。
支持追击的朝臣认为，明军一路大胜，布日哈图几乎不敢交战，可见察哈尔部要么是已然损失巨大，要么就是因为部落人口有限，根本不敢损失。
因此，只要明军敢追，布日哈图就不敢接战。在这种情况下，刘綎继续西进，运气好的话还能拿下更多地区，即使运气不好，那也是“以攻代守”，实际上确保了后方安集延的安全。
反对追击的朝臣则认为，按照元辅在战前提出的战略，打下安集延就已经是极限了，再继续追击不仅毫无意义，而且面临巨大的风险，根本没有必要。
为什么这么说呢？因为高务实在战前就已经充分论证过明军的补给能力，最多也就能支持打到安集延，再往西进兵就根本没有足够的维持能力。
要知道，整个西域都是刚刚拿下的，连西域都护府都尚在筹备阶段，大明在西域的稳定统治都还没有建立呢，继续西征纯属浪战。
在这场争执中，高务实的态度显然最为关键。作为内阁首辅，尤其是力排众议、主导了整个西域计划的他，毫无疑问拥有最大的话语权。
他的态度将直接影响朝廷的最终决定，因为即使皇帝也必须充分尊重一个事实：目前西征军所有的行动、所有的战果，都是建立在高务实的计划、决策和指挥之上的。在他之下，王庭撰、刘綎、熊廷弼等人都只是决策的执行者。
高务实深知西域的重要性，也清楚布日哈图的野心和能力。他当然也担心布日哈图顺利击败布哈拉汗国，在西域完成“重建蒙古”的大业，一如当年耶律大石在西域重建了大辽一般。
这其实是真有成功可能的，因为以布日哈图的能力和察哈尔部的实力，只要他们击败布哈拉汗国，下一步就可以击败希瓦，然后再收拾哈萨克。到了这一步，布日哈图甚至就能与位于他南方的萨菲波斯、莫卧儿帝国来个三足鼎立！
高务实隐隐觉得，布日哈图或许已经有了这样的计划。说不定，他在放弃叶尔羌西进的时候就已经打定了这样的主意，否则很难解释他竟然会让察哈尔本部完全不与明军接战。