（1478年），发生陈钺错杀女真贡使、激变辽东之事。汪直打算亲往平定，以立功显名。太监怀恩建议派朝中大臣前往安抚，马文升立即支持，并受委任。汪直提出派人同往，马文升也没有同意。这一来，又得罪了汪直。汪直后来与刑部尚书林聪等勘边事，说辽东激变，是马文升禁止边方农器贸易所致。马文升申辩无用，被下诏狱，谪戍重庆卫。马文升在戍所滞留四年中，曾派儿子马琇前往榆林卫联络平安伯，因为马文升曾是三边总制，协调延绥、宁夏、甘肃三边军务，而章子俊当时刚任延绥巡抚，可以说马文升就是章子俊的上司。平安镇初建，曾上报总制大人榆林卫的状况