这一年整个大明上下，都在整理河道，修理各种水利，疏通大江小河，这样的景象似乎也是章子俊穿越以来所做的各种各样事，总算在弘治六年爆发出来了，首先是三样高产作物带来的红利，虽然发生的有点晚，却实实在在缓解了大明的饥饿，人口出现了快速增长，也跟章子俊历年来提倡个人卫生、食品卫生、医疗保健不无关系，繁荣的商业及各种大小的制造作坊，改变了以往的小农经济模式，大明朝出现了工业资本的萌芽，有相当一大批无地的百姓，成了最早一批依靠在工厂、采矿、作坊打工挣钱养家的居民。
在西北的平安镇、山东的郓城、江南的苏松都是工坊林立，大批这样依靠做工就能养家糊口的人家，过上了稳定安居的日子，这样的人群有别以往的传统手艺人，目前许多有实力的“大东家”效仿平安镇工坊的做法，让其有免费的住房居住、兴办免费的学堂、还有免费的医馆专门提供给了自家做工的工人，逢年过节还有专门的吃食发放，其曰，职工福利。
弘治五年（1492）七月，黄河在张秋（山东阳谷东）决口，水入运河，夺汶水入海，漕运遂绝。朱佑樘诏命工部侍郎陈政总理河道，集民夫十五万疏浚黄河故道，堵塞决口，但未完工陈政卒。吏部尚书王恕推荐浙江左布政使刘大夏才识堪任，于是皇帝于弘治六年正月擢刘大夏为右副都御史，前往治理。弘治七年五月，皇帝又遣宦官李兴、平江伯陈锐与刘大夏共治张秋决河。当时黄河水势湍悍，决口处宽九十余丈。刘大夏先治上流，分别开新河浚旧河将水导入黄河道及淮河，而于决口处筑水坝，且合且决，随决随塞，昼夜不息至是年十二月工成。
皇帝遣行人前往慰劳，并改张秋名为“安定镇”。起先是改张秋名为“平安镇”的，后然才发现平安镇已经有名了，这才改名为安定镇。
刘大夏上言说：安定镇决口已塞，黄河下流已治，运河已通。但必须修筑黄陵冈（河南兰考东）河口之堤，使黄河上流南下徐淮，方为运河久安之计。乃于弘治八年正月筑塞黄陵冈等七处河口，于是黄河河势复归兰阳（河南兰考）、考城（河南民权北）、经归德（河南商丘）、徐州入运河，会淮水东注于海。又于黄河沿岸从胙城（河南延津北）至徐州筑长堤三百六十余里，又从于家店（河南原阳东）至小宋集（山东曹县西）筑堤一百六十余里，大小二堤相翼，黄河始全入于海，北流遂绝，溃决之患始息。徐贯经理苏湖水利
随着人口增加，以往的居住设施当然不能满足需求，其中治理水利成了当务之急，黄河年年决口年年治理，运河淤堵不畅，自前年开封黄河决河完工后，遂自山东沿运河而南，抵达扬州一段淤堵严重，奏议高邮湖堤。其时御史孙衍、郎中吴瑞文董理南河事，亦奏：高邮州运河九十里，自州西北三里入新开湖道，湖凡五十里，湖东直南北为堤。洪武中障以土，正统中固以石，屡决屡修。其西北则与武安、张良、七里、珍珠、甓社诸湖相灌注，蒙回数百里。每风涛兴作，扶舟触堤石即坏，且多有溺死者，当于湖东开复河以避禁其险。白昴遂上其议，召工开凿。起杭家咀，历清水潭，抵丁志港，长达四十里，两岸壅土为堤，堤首尾置插，与湖相连。堤东又置四闸、四食洞。
这还没完，朱佑樘又命工部侍郎徐贯前往苏州府、湖州府经理水利。此时苏湖一带时发大水，淹没良田。徐贯与工部主事祝萃役民夫二十余万，修浚河泾、港渎、湖塘、斗门、堤岸一百三十五处，使水入江或入海，东南水患少息。
说了这么多的修筑水利，可见当前的内阁这几位大佬还真想为天下做点实事的，而不是朱佑樘想要去做的，所以说弘治年也是中兴之年，离不开有了一届能力非常强的好内阁。
除了大力治理水利外，这一年作为兵部尚书的马文升上言军屯事宜，兵部尚书马文升应诏上言九事。其一为清屯田以足兵食。奏言：军士月粮出于屯田，洪武时每军有分屯田百亩者，有三五十亩者，屯军既不支粮，又纳余粮六石，所以仓有余积。以后军士数少，征戌日增，屯军俱出外应役，屯地多为势家侵占，或被军士盗卖，征粮之数不过十之三。另外，亲王初封俱有三护卫，中间有改调二卫者，有三卫全调者，所遗屯田当时失于考查，俱被五府及势家占种，乞差官于至各布政司及南北直隶会本处三司屯田家逐一清查，其卫所已无屯军者，让百姓承种，照例纳粮以给军士，使军士困苦得以少苏。七月，户部覆议其所言，请移文天下巡抚巡按会同屯田官查实，被占种或被盗卖者清出还官。
后兵部上报说：自正统、景泰年间，曾召募丁壮训练，以备战事，但未定佥法。礼科给事中孙鼐之奏定佥民壮法，今州县七八百里以上里佥二人，五百里以上里三人，三百里以上里四人，百里以下里五人，俱于丁众粮多之家选年力强者，加以训练，遇有调拨给粮以行。富民不愿者，纳银于官，官府如募。还要增筑各边墩台，近来各边多次被鞑靼所掠，损失惨重，究其原因，在于各边墩台相距太远，烽火不能相接以及守边将士懈怠所致。乞令务边镇巡等官相视地形，修理墩台，每十里或七、八里为一大墩，四、五里为一小台，大墩守军十人，