战争开始了。
为了能够更快的解决战斗，阿德尼斯开始对自己的阵营实施军事化管理。
军队的制度，武器，服装，被迅速确立。
阿德尼斯组建了正式的军队，自己担任总司令官。
眼魂派开始反击。
这取得了一定的成果，但他们很快就再次陷入苦战。
伊迪斯和伊戈尔初开发的眼魔战斗系统，面对改造人强大的身体，并没有取得理想的优势。
接着，反应过来的改造派也迅速完成了军事化管理。
阿德尼斯正确的策略不仅没有很快的解决战斗，反而使得战斗快速升级了。
究其原因，不难发现，这都是因为阿德尼斯之前的犹豫，给了改造派壮大势力的机会和时间。
所以，面对眼魂派的全力反扑，单体实力本就比眼魂派强大许多的改造派在顶过开头那一波儿后，很快就重整旗鼓，在丹顿的指挥下迅速反应过来，重新占据优势。
只是，改造派的人虽然实力强大，但终究还是血肉之躯，被杀就会死。
与之相对的，眼魂派使用的只是化身，只要存放在沉睡之间的他们本体不死，那么，无论化身被杀掉多少次，眼魂派的人都不会真正死去。
因此，尽管改造派的人在战斗中占据优势，眼魂派陷入苦战，但无论是哪一方，都无法彻底击溃对方。
漫长的对峙就此开始了。
攻防战几乎每时每刻都在发生。
用于战斗的武器被不断发明出来。
双方的厮杀破坏了建筑和街道。
原本繁华的城市变得面目全非。
接着，人心也开始变得破破烂烂。
承接无限次死亡降临的眼魂派。
神经必须时刻保持紧绷的改造派。
结束不了的战斗，挣扎不出的泥潭当现实变成地狱，人们还能逃到哪里去呢
一些人得出了结论唯有真正的死亡才是永恒的解脱。
于是，双方阵营都开始出现自杀者。
然后，这场漫长而残酷的战争，以某个事件为界，被彻底推上了顶峰。
阿德尼斯的大儿子，
阿尔戈斯，
死了
死于一场由改造派策划的暗杀行动。
对于改造派的人来说，眼魂派的人简直烦到了极点。
无论他们怎样去杀，眼魂派的人都会在不久之后重新复活，再次出现在战场上。
所以，为了能够真正的杀死眼魂派的人，改造派在试着多次袭击沉睡之间失败后，便想出了“让暗中改投改造派的人化身刺客，在沉睡之间醒来后，不急着脱离，而是留在那里暗杀眼魂派的人的本体”这一无比卑鄙和恐怖的策略。
而阿尔戈斯，就死于最初的那一场暗杀。
这给了阿德尼斯无比沉痛的一击。
让将改造派的人也视作重要子民的阿德尼斯的心，出现了一道无法愈合的伤痕。
即便处于战争期间，丹顿创造生命的研究也没有停下。
然后，在持续了近百年的实验后，奇迹终于发生了。
在丹顿，克洛伊，以及悟代的注视下。
一个男孩儿和一个女孩儿成功存活了下来。
正如之前所想好的那样，丹顿为男孩儿取名为里昂，女孩儿取名为米昂。
在那之后，丹顿试图创造出第二个里昂和米昂，但无一例外都失败了。
所以，对于那两个奇迹一般的孩子，丹顿发誓，他一定会好好保护他们，研究他们，以让他们拥有更多的兄弟姐妹。
为此，他必须获得这场战斗的胜利
然而现实，却并没有向着丹顿期待的方向前进。
这场漫长又残酷的战争确实进入了最后的阶段，但那却是，以改造派的失败为终结的最后阶段。
这都是因为，就在丹顿的实验室发生奇迹后不久，伊迪斯的实验室也有幸被奇迹光顾了。
从战争开始后，伊迪斯和伊戈尔就一直在寻找的那个能让改造人的强化装置失效的方法，终于被他们找到了
他们借此开发出了能让改造人的强化装置失效的武器。
只要启用，改造人就会失去强大的战力，变回孱弱的普通人。
到时候，原本势均力敌的战斗，就会变成眼魂派对改造派一边倒的屠杀。
一想到那些改造派的人都会死，明明胜利就在眼前，阿德尼斯却忍不住再次犹豫了起来。
不能这样，改造派的人也是眼魔世界重要的子民这样的心声在阿德尼斯的心间不断回荡。
但是回顾以往，再想到自己的儿子阿尔戈斯的死亡，不知经过多少次自问自答的阿德尼斯，在半天之内消除了他内心中所有的犹豫和迷茫。