不过，阮元等人未及预料的是，早在孔璐华生日之前数日，京城勤政殿中，便即展开了一场有关阮元未来任职的讨论。
“皇上，臣考两广总督阮元，在广州已经担任总督将近九年，如今应予轮换，臣建议皇上召阮元入朝，择户部、兵部之一，改任阮元先做尚书，如有大学士出缺，也可以从优补任。”这日率先发言，希望阮元入朝的乃是大学士、军机大臣蒋攸铦，他自然清楚，如果阮元入朝，那么进入军机处或许也在道光的考虑之内。
“皇上，臣以为阮元如今确需改任，但最适合阮元的地方，是云南，阮元应该改云贵总督。”大学士、军机大臣曹振镛却说道“如今臣等接云南快报，云贵总督赵慎畛，上个月不幸身故，正好云贵总督一职出缺。阮元才兼文武，于南疆亦颇有声名，是最合适的改任人选。”
云贵总督，全称“兵部尚书兼都察院右都御史，总督云南贵州等处地方，提督军务兼理粮饷”。自康熙平定三藩之后，云贵总督便即常驻云南省城，云南省城在云南府昆明县，今以昆明称之。自表面情况而言，云贵总督一般在清中叶八总督中排名最末，但清代的西部三总督，却是非文武兼备者不能当之，不能以固定次序判断总督地位高低。云南西南地接缅甸，东南则是越南，两国与清王朝都一度有过交战，同时云南虽然在雍乾时期基本完成“改土归流”，但也依然在边境地区保留了一些土司官，如果没有足够军事经验，一旦发生土司叛乱亦或国家战争，云贵总督首战失利，便会让清王朝陷入困境。是以嘉庆之前，云贵总督也往往都由旗人担任，直到嘉庆末年伯麟入朝，云南方有了史致光、赵慎畛等汉民总督，如今赵慎畛不幸身故，是以曹振镛向道光提出让阮元取而代之。
“曹中堂，今年阮元已经六十三岁，若是改任云南，只恐阮元长途跋涉，体力或有不济。但改入朝廷，阮元亦曾在京为官多年，或许更加适应京城的生活呢皇上，国家从来尊重老臣，还是让阮元入京更为稳妥。”蒋攸铦也向道光继续进言道。
“皇上，臣认为蒋中堂是多虑了。”曹振镛也有自己的看法“正是因为国朝尊老，臣才认为阮元应该改任云贵总督。云贵从来地处边境，接连缅甸、南掌、越南三国，为边境安稳而计，乾隆之初，定下的总督养廉银中，以陕甘云贵为最高，都是二万两。可如今国朝天威浩荡，西南各国无不宾服，至少短时间里，臣认为西南并无大的战事。这样皇上自然可以准许阮元的廉俸存为己用，阮元多有救灾兴学之事，平日虽为封疆大吏，可臣听说他积蓄不多，改任他去云南，广其积蓄，才是根本上体恤老臣之道。而且阮元在外，无论抚军安民，俱有能名，或许改任他前往云南，能收舜舞干戚，而有苗服之效呢更何况如今朝中六部尚书并无阮元那般治边之才，改任他们外出督抚，那实效或许还不如阮元啊”
“好啦，朕都听明白了。”道光沉思半晌，也向曹蒋二人说道“今日之事，朕以为还是曹振镛所言更为稳妥。阮元就改云贵总督吧，两广总督之任，由湖广总督李鸿宾接任。如今边境虽然安定，可是也需要一位能臣，才能收长治久安之效不是”
既然道光已有定论，蒋攸铦也不便再为阮元请求京官。
次日，改任阮元为云贵总督的上谕便即发向广州。对于阮元而言，他历时八年九个月的两广总督之任，终于进入了倒计时。而云贵总督的新任却也意味着，阮元距离道光，距离中原的人文学术核心区域，是越来越远了
阮元在六月十三日正式接到上谕，方才得知自己将要改任云南之事，想着虽然改任本是意料之中，可自己的下一站却并非回归京城亦或进入中原各省为官，而是需要进一步远离京师与扬州，心中自也有些不乐。但即便如此，阮元还是接受了上谕，六月十七日，阮元将总督印信交托于成格，托他转交后续南下的李鸿宾。三日之后，阮元最后一次来到学海堂，与广州幕僚、学海堂师生一一道别。
这日学海堂之内，吴兰修等八学长，刘彬华等粤东名士，陈澧等学海堂诸生，江藩、严杰、方东树等阮元幕中僚属，可谓济济一堂，直使学海堂正厅之上，一时座无虚席。阮元眼看众人之状，无不是依依不舍，不愿就此与阮元道别，想到这里，阮元心中也不觉落寞。
然而，阮元毕竟已经为官数十年，迁转之事，并非初见，告别之语，早在诂经精舍之时就说过不少，是以看着学海堂百余师生，阮元还是强颜欢笑，道“各位虽是难舍，可我为官一世，迁转改任，总是少不了的嘛我本是江南之人，也不是广州人，能来广州助各位成立学海堂，也是为官之余，尚有一些兴学之念，这一天这一天无论早晚，总会来的。实不相瞒，早在杭州之时，我就经历过三次别离，所以我清楚，对于你们而言，我这个人其实没那么重要，重要的是，以后各位在学海堂，务要遵我所立章程，将学海堂代代传承下去我六十三了，余年还有多少，我不得而知，但学海堂，若是你等勤于治学，能够使学海堂之名遍布天下，成为中原大地上首屈一指的书院，那即便我已经不在人世，我在天有灵